Tự bản thân LTTE bắt đầu tan vỡ khi một trong số các chỉ huy cấp cao dưới quyền Prabhakaran, được biết đến là Karuna, đầu hàng Chính phủ. Với sự giúp đỡ của Karuna, các tỉnh phía đông lại thuộc về tay Chính phủ năm 2007. Prabhakaran chỉ còn kiểm soát ở phía bắc. Tuy nhiên, quyết định chuyển đổi từ một lực lượng du kích sang một quân đội có thể là một sai lầm. Trong chiến dịch cuối cùng, quân đội Sri Lanka đã truy lùng nhiều tháng trời, mặc dầu có nhiều lời đồn rằng thủ lĩnh có thể đã trốn thoát bằng thuyền ra vịnh Ba Tư, Đông Phi hoặc Đông Nam Á. Nhưng cuối cùng, nhóm nòng cốt còn khoảng 250 người trung thành. Các thông tin về cái chết Prabhakaran dường như đã kết thúc ở Mullivaikal tháng 5 năm 2009 kết thúc cuộc nội chiến quy mô đầy đủ bắt đầu từ tháng 7 năm 1983.